Алессандро не вызывается в национальную куоманду с того памятного момента, как итальянцы стали чемпионами мира. 22 июня 2006 года он сыграл свой последний на данный момент матч за «адзурри»: проблемы со спиной оставляли его долгое время вне игры и в клубе.

Однако в настоящее время Неста полностью оправился от травм: в концовке сезона-08/09 он смог сыграть за «Милан», не оправдав самые страшные опасения медиков, предрекавших игроку чуть ли не досрочное окончание карьеры. Свое возвращение в основу «россонери» 33-летний защитник отметил первым дублем в карьере: 25 октября Алессандро двумя точными ударами головой в течение девяти минут в концовке матча поставил на колени «Кьево» (2:1). Однако от идеи возвращения в национальную команду Неста отказался наотрез.

В интервью газете La Stampa капитан «Скуадры адзурры» Фабио Каннаваро выразил свое отношение относительно решения экс-партнера по сборной: «Я уважаю и понимаю его. Все-таки Алессандро пропустил почти год и справедливо опасался, что может вовсе не вернуться в большой футбол. Да и воспоминания о последнем чемпионате мира, когда он получил очередное повреждение и был заменен в основе команды на Марко Матерацци, - не из самых лучших».